Команда основана в 1922-м году при Петроградском губернском отделе ГПУ. В том же году победила на Арморскихиграх- первенстве армейских и флотских команд Петрограда. С 1924 года выступает под названием Динамо. В тридцатых годах превратилась в сильнейший коллектив Ленинграда, базовую команду сборной города, располагала группой игроков сборной СССР. Именно ленинградское Динамоодержало самую первую победу в истории чемпионатов СССР - 22 мая 1936 года над московским Локомотивом3:1.
   В то время динамовцы с берегов Невы в авторитете не уступали даже московским одноклубникам. Например, в 1935-м году ленинградское Динамоблагодаря дублю легендарного бомбардира Михаила Бутусова свело вничью товарищеский матч с грозной сборной Праги - 2:2. А годом ранее Бутусов и два его одноклубника - Павел Батырев и Николай Соколов - оказались в престижнейшем списке первых 22 спортсменов, удостоенных звания Заслуженныймастер спорта. В 1937-м году со счетом 2:2 ленинградское Динамозавершило игру с гремевшей тогда на всю Европу сборной Басконии, тогда как столичные динамовцы уступили баскам 4:7.
   Именно в ленинградском Динамопровел лучшие годы неповторимый Пека- Петр Дементьев, виртуозная игра которого завораживала публику в любом городе.
   По итогам последнего предвоенного чемпионата 1940 года ленинградцы вошли в пятерку сильнейших клубов страны, хотя накануне сезона в Москву были откомандированы два ведущих игрока - Николай Дементьев и Сергей Соловьев. Этот же результат динамовцы повторили еще трижды - в 1945-м, 1946-м и 1952-м годах. Кроме того, в 1945-м году двое игроков команды - Евгений Архангельский и Борис Орешкин - в составе московского Динамов легендарном турне блеснули на полях Великобритании.
   Черным для ленинградского Динамооказался 1953 год. После неудачного выступления в чемпионате СССР-53 (10-е место при 11 участниках) Динамобыло исключено из всесоюзных соревнований. В 1954-59-м играло только в чемпионате Ленинграда и других городских турнирах. В 1960-м возрождена команда мастеров Динамо. В 1962-м году заняло место Адмиралтейцав классе сильнейших. В 1963-м году, финишировав на 16-м месте при 20 участниках, покинуло высший эшелон отечественного футбола. В 1964-69-м - во второй группе класса А(аналог первой лиги), в 1970-72 годах - в первой лиге, в 1973-76 годах - во второй лиге, в 1977-79 годах - вновь в первой лиге. В середине 1977 года команду возглавил Юрий Андреевич Морозов. Это была его первая самостоятельная работа с клубной командой.
   Но с 1980 года Динамопрочно оседает во второй лиге.
   В 1990-м году ЛОС Динамои Молодежный центр при Красносельском райкоме ВЛКСМ организовывают хозрасчетный клуб Прометей-Динамо. Под этим названием команда выступает до 1995 года. По итогам 1991 года Прометей-Динамовыходит в буферную лигу. После распада СССР попадает в первую лигу российского чемпионата. С 1992-го года материальное и турнирное положение команды неизменно ухудшалось, хотя в сезоне 1995 года Прометей-Динамоудалось подняться из третьей лиги во вторую.
   В марте 2000-го года Динамоиз-за отсутствия средств не смогло подать заявку на участие в первенстве страны среди команд второго дивизиона, в результате чего потеряло статус нелюбительского клуба.
   В мае 2000 года Петербургское и Ленинградское областное физкультурно-спортивное общество Динамои Инвестиционно-строительная компания Стройимпульссоздают команду Динамо-Стройимпульси заявляют ее на первенство среди любительских коллективов регионального дивизиона Северо-Запад. По итогам сезона 2000 года Динамо-Стройимпульсзаняло второе место, попутно выиграв Кубок России среди любительских команд.
   В январе 2001 года было зарегистрировано ЗАО ФК ДинамоСанкт-Петербург, которое и было принято в ряды ПФЛ.
   В квалификационных матчах за право выхода в первый дивизион ФК Динамо СПб встречался с победителем зоны Центрлипецким Металлургом. В первой встрече 30 октября в Санкт-Петербурге команда Сергея Ломакина одержала победу со счетом 2:0. В ответном же матче 4 ноября в Липецке динамовцы уступили 0:1. Однако по сумме двух встреч путевку в первый дивизион завоевал ФК Динамо СПб.
   В дебютный же год возвращения в первый дивизион (2002 г) Динамо СПб занимает 4-ое место, сохраняя до 28 тура шанс на выход в Премьер-лигу. В том году Динамо СПб одержало 5 крупных побед, сенсационно одолело 14 сентября (при рекордной для российской истории клуба аудитории) действующего обладателя Кубка страны столичный ЦСКА, проигрывая по ходу встречи 0:2 (итог - 3:2) и пробилось в стадию 1/8 финала.